アイスランド共和国との国交樹立については、情報公開法に基づき開示された行政文書のうち歴史資料としての価値が認められる文書(写しが外交史料館で閲覧可能)の中に、「アイスランド(日本国とアイスランド共和国との間の外交関係設定に関する交換公文)」があります。また、第9回および第17回外交記録公開でそれぞれ公開された外務省記録「在外本邦公館設置関係 欧州地域の部」および「日本・アイスランド間外交関係雑集」にも関連文書が含まれています。
アイスランド共和国は、1944年(昭和19年)に同君連合関係にあったデンマークから独立しました。戦後、日本側からのアプローチにより両国の国交樹立が促進され、1956年(昭和31年)12月8日、日本がアイスランドに外交関係の開設と公使交換を申し入れ、同日付で外交関係を開設しました。
この翌年(1957年)9月に、在スウェーデン公使館(同年11月に大使館に昇格)が在アイスランド公使館を兼館しましたが、2001年(平成13年)に日本とアイスランド両国が互いに大使館を開設し、現在は在ノルウェー大使が在アイスランド大使を兼任しています。
なお、本年(2006年)は両国の外交関係開設50周年にあたります。