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レファレンス事例詳細(Detail of reference example)

提供館
(Library)
国立国会図書館(National Diet Library) (1110001)管理番号
(Control number)
B2007Y0548
事例作成日
(Creation date)
登録日時
(Registration date)
2008年06月27日 02時10分更新日時
(Last update)
2008年06月27日 02時10分
質問
(Question)
チミジンホスホリラーゼの活性を最大にする反応条件について知りたい。
回答
(Answer)
チミジンホスホリラーゼの最適な反応条件(温度、pH値、基質濃度など)について当館所蔵資料を中心に調査しました。しかし、酵素の種類や名称だけから、その最適な反応条件を一意的に決めるのは不可能であり、調査した文献に掲載されている数値には幅があります。
 反応条件については『分子細胞生物学辞典』(東京化学同人 1997 【RA2-G11】)のp.292によると、「酵素の活性は、反応液の温度、pH、イオン強度や、基質の濃度に依存して変化する」と書かれていますが、この中のイオン強度については調査の限りでは不明でした。
 
 以下に、ご照会の事項に関する情報を掲載している資料をご紹介します(【 】内は当館請求記号)。
・『酵素ハンドブック』(朝倉書店 1982 【RA84-37】)
 様々な酵素について、簡単にその精製法や性質が紹介されています。この資料のpp.293-294にThymidine phosphorylaseについて解説があります。そのうち[性質]には「最適ph5.6~6.0」との記述があります。なお、[所在と精製]には「動物組織、E.coliに存在」との記述があります。

・『Springer handbook of enzymes.vol.33』(Springer c2001 【RA2-B29】)
 各種酵素について、関連する文献から情報を収集し、その性質や反応条件などをまとめた資料です。pp.52-63にThymidine phosphorylaseについての解説があります。その中からご照会の事項に関連する項目、およびその引用元となっている文献をご紹介します。
 
なお、引用元によって酵素の抽出元である生体の種類が異なります。生体の種類は次の通りです。
<1> Homo sapiens
<2> Rattus norvegicus
<3> Cavia porcellus
<4> Mesocricetus auratus
<5> Eschericha coli
<6> Giardia lamblia
<7> Salmonella typhimurium
<8> Mus musculus
<9> Lactobacillus casei
 以下がご照会の事項に関する項目です。< >内の数字がその数値が得られた酵素が由来する生体の種類、[ ]内の数字が引用元となっている文献番号です。文献の一覧については別途示します。
 基質濃度については直接的な記述はありませんでしたが、参考までにミカエリス定数(Km値)をご紹介します。Km値については、[Km-Value(mM)]の項に次のような記載があります。
 0.00166 <9> (thymidine) [17]
 0.019 <8> (phosphate) [10]
 0.1 <9> (phosphate) [16,17]
 0.11 <1> (thymidine) [22]
0.141 <8> (thymine) [10]
 0.168 <1> (thymidine) [4]
0.38 <5> (thymidine) [6]
0.65 <1> (thymidine, <1> normal tissue [24]) [24]
0.89 <5> (phosphate) [6]
0.945 <8> (thymidine) [10]
1.3 <7> (arsenate) [5,12]
1.72 <1> (5’-deoxy-5-fluorouridine) [4]
2.1 <7> (thymidine) [5,12]
2.3 <7> (phosphate) [5,12]
8 <7> (deoxyuridine) [5,12]
9.3 <1> (thymidine, <1> tumor tissue [24]) [24]
13.3 <1> (5’-depxy-5- fluorouridine and 1-(tetrahydro-2-furanyl)-5-flurouracil) [4]
47.6 <1> (uridine) [4]
Additional information <1,8,9> [16,18]
 最適pHについては「pH-Optimum」の項に次のような記載があります。
5.3 <1> [22]
5.7 <1> [11]
6 <1-4,9> (<1-4> around [1]) [1,16,17]
6.3 <5> [6]
7.1 <5> (<5> assay at [6]) [6]
7.4 <1-4,7> (<1-4,7> assay at [1,5]) [1,5]
7.5 <1> [11]
7.5-8 <7> (<7> rapid decrease of activity above and below this range [5,12]) [5,12]
7.8 <1> (<1> assay at [29]) [29]
10 <1> (<1> assay at, pH 10 is used because 2-deoxy-D-ribose 1-phosphate
is heat labile at pH 7.4 [21]) [21]
 最適温度については、[Temperature optimum(℃)]の項に次のような記載があります。
37 <1,5,7> (<1,5,7> assay at [5,6,11]) [5,6,11]
 引用文献一覧
ご紹介する項目に関連する文献のみご紹介します。また、当館での所蔵を確認できたものについては、【 】内に当館請求記号を付しています。なお、[5],[6]については当館での所蔵は確認できませんでしたが、NACSIS-Webcat( http://webcat.nii.ac.jp/ )を検索したところ、所蔵機関があるようです。詳細につきましては各所蔵機関にお問い合わせください。
[1] Zimmerman, M.; Seidenberg, J.: Deoxyribosyl transfer. I. Thymidine phosphorylase and nucleoside deoxyribosyltransferase in normal and malignant tissues. J. Biol. Chem., 239(8), 2618-2621 (1964) 【Z53-D12】
[4] Sugata, S.; Kono, A.; Hara, Y.; Karube, Y.; Matsushima, Y.: Partial purification of a thymidine phosphorylase from human gastric cancer. Chem. Pharm. Bull.,34(3), 1219-1222 (1986) 【Z53-D167】
[5] Hoffee, P.A.; Blank, J.: Thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium. Methods Enzymol., 51, 437-442 (1978)
[6] Schwartz, M.: Thymidine phosphorylase from Escherichia coli. Methods Enzymol., 51, 442-445 (1978)
[10] Iltzsch, M.H.; El Kouni, M.H.; Cha, S.: Kinetic studies of thymidine phosphorylase from mouse liver. Biochemistry, 24(24), 6799-6807 (1985) 【Z53-B464】
[11] Desgranges, C.; Razaka, G.; Rabaud, M.; Bricaud, H.: Catabolism of thymidine in human blood platelets: Purification and properties of thymidine phosphorylase. Biochem. Biophys. Acta, 654(2), 211-218 (1981) 【Z53-B460】
[12] Blank, J.G.; Hoffee, P.A.: Purification and properties of thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium. Arch. Biochem. Biophys., 168(1), 259-265 (1975) 【Z53-B455】
[16] Avraham, Y.; Grossowicz, N.; Yashphe, J.: Purification and characterization of uridine and thymidine phosphorylase from Lactobacillus casei. Biochim. Biophys. Acta, 1040(2), 287-293 (1990) 【Z53-B460】
[17] Avtaha, Y.; Yashphe, J.; Grossowicz, N.: Thymidine phosphorylase and uridine phosphorylase of Lactbacillus casei. FEMS Microbiol. Lett., 56(1), 29-34 (1988) 【Z53-X109】
[18] el Kouni, M.H.; el Kouni, M.M.; Naguib, F.N.: Differences in activities and substrate specificity of human and murine pyrimidine nucleoside phosphorylases: implications for chemotherapy with 5-fluoropyrimidines. Cancer Res., 53(16), 3687-3693 (1993) 【Z53-D384】
[21] de Bruin, M.; Smid, K, ; Laan, A.C. ; Noordhuis, P. ; Fukushima, M. ; Hoekman, K,; Pinedo, H.M. ; Peters, G.J.: Rapid disappearance of deoxyribose-1-phosphate in platelet derived endothelial cell growth factor/thymidine phosphorylase overexpressing cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 301(3), 675-679 (2003) 【Z53-B457】
[22] Finnis, C.; Dodsworth, N.; Pollitt, C.E.; Carr, G.; Sleep, D.: Thymidine phosphorylase activity of platelet-derived endothelial cell growth factor is responsible for endothelial cell mitogenicity. Eur. J. Biochem., 212(1). 201-210 (1993) 【Z53-L238】
[24] Miszczak-Zaborska, E.; Wozniak, K.: The activity of thymidine phosphorylase obtained from human uterine leiomyomas and studied in the presence of pyrimidine derivatives. Z. Naturforsch.c, 52(9/10), 670-675 (1997) 【Z53-S446】
[29] Klein, R.S.; Lenzi, M.; Lim, T.H.; Hotchkiss, K.A.; Wilson, P.; Schwartz, E.L.: Novel 6-substituted uracil analogs as inhibitors of the angiogenic actions of thymidine phosphorylase. Biochem. Pharmacol., 62(9), 1257-1263 (2001) 【Z53-D157】
以上のほか、次のようなウェブ上の無料データベースがありましたのでご紹介します。
・「BRENDA:The Comprehensive Enzyme Information System(ケルン大学サイト内)」
http://www.brenda.uni-koeln.de/
 このデータベースを酵素名で検索した結果次のような結果を得られました。
http://www.brenda.uni-koeln.de/php/result_flat.php4?ecno=2.4.2.4
 
最適な反応条件は次のようになっています。
・pH OPTIMUM 5.3~10 (酵素の由来や実験系によって異なるようです)
・TEMPERATURE OPTIMUMは 37℃。
・Km 0.00166~2.1mMの間(チミジンを基質とする場合。がん細胞由来だとこの数値が大幅に異なるようです)
*インターネットの最終アクセス日は2007年8月7日です。
回答プロセス
(Answering process)
事前調査事項
(Preliminary research)
NDC
生化学  (464 9版)
参考資料
(Reference materials)
キーワード
(Keywords)
酵素
照会先
(Institution or person inquired for advice)
寄与者
(Contributor)
備考
(Notes)
調査種別
(Type of search)
事実調査
内容種別
(Type of subject)
質問者区分
(Category of questioner)
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(Registration number)
1000045342解決/未解決
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