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葛上神社と九頭上池の関連については記載された資料がございませんでした。

以下の資料から、葛上=九頭神という説がうかがえるため、全く関連がないとは言い切れませんが、直接の関連を言及した資料はございませんでした。
●葛上神社
・『富雄町史』 富雄町教育委員会 1954.12
　→ｐ.159　葛上神社　「由緒沿革　脇寺及び山ノ上をのぞく大字の鎮守。葛上は九頭神にして水神。」
・「霊山寺と富雄川」『やまとみち : 大和路小誌』 Vol.128 march 2013
　→ｐ.3　葛上神社　「社名の「くずがみ」は、九頭神でもあり、富雄川に近い立地から本来は水神を祀ったともいわれる。社伝では、主祭神は建速須佐男命（素戔嗚尊）、相殿に大山咋神、境内社に天照大神と住吉山神を祀るという。」
・『奈良市史, 社寺編』 奈良市史編集審議会編　奈良市 1985.3
→ｐ.450　葛上神社　「おそらく九頭神、すなわち水神をまつる神社であろう。」
・『神社 （奈良県史）』
　→ｐ.286　葛上神社　「古くはおそらく司水神の九頭神社であったとみられる。」

●九頭上池
・大和郡山市のホームページに、池の畔にある「九頭神明神」についての記載がございました。
「九頭神池に残された洪水伝説。　『古説に大洪水があり、うぶすな神が笹舟に乗って池に入られた時、洪水が治まったので、里人はその神を池のほとりにお祀りした』　その祠が、池のほとりにある九頭神明神とか。九頭は水の神様、水害の多いところに祀られている神様」だったとあります。
「まちかどレポート498 再発見ウォーク「小泉城址一帯の散策」」
https://www.city.yamatokoriyama.lg.jp/soshiki/kikakuseisakuka/machizukuri/1/5/2477.html （2022/3/5最終確認）

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また、九頭上池から1km弱のところに小泉神社があり、その祭神が葛上神社と重なる部分もある為、何らかの関連があるのかもしれませんが、詳細は不明です。
・『ふるさと大和郡山歴史事典』大和郡山市文化財審議会編集 大和郡山市 1987.5
　→ｐ.77　小泉神社　「古くは南の御宮と呼ばれ、主神素戔嗚尊、相殿は誉田別名。拝殿の東に九頭と住吉の両小祠、西に稲荷社がある。九頭天王社は水神として信仰され」たとあります。
・『大和郡山歴史ものがたり』
　→ｐ.103　≪雨乞い≫　「小泉神社本殿の横に、九頭神社があります。この神社は、昔の片桐中学校跡にあったのですが、延宝二（一六七四）年六月十四日、富雄川が氾濫し、小泉町は大被害を受けました。この時に、九頭神社も流されるという大洪水でした。このため、この神社を今の小泉神社にまつったのです。」
・『奈良県の地名』
　→ｐ.468　享保九年（1724）の金剛寺明細帳覚（矢田寺所蔵）付記の小泉村社寺書上に「氏神牛頭天王」「氏神八幡」と、寛文年間（1661-73）以前に境内へ移し祀った九頭天王が記され、ほかに天満天神・稲荷社がみえる。九頭天王の旧地は小字水戸」「牛頭天王・八幡宮・九頭天王を小泉三社とも称したらしい。」とあります。

→九頭上池北側の九頭神明神のあるところが字水戸ですので、小泉神社の境内に移された九頭天王がそこに元々あったと思われます。

なお、「葛上神社の社殿が洪水で流されて九頭上池のところで発見された」という説を記載した資料はございませんでした。