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日本の国旗の掲揚方法について定めた法令は見つかりませんでした。
国旗の掲揚方法が掲載されている図書では、根拠は「通例」や「慣習」となっています。
調査した内容は次のとおりです。

（１）法令の確認について
国旗、国歌に関しては「国旗及び国歌に関する法律」（平成11年8月13日法律第127号）があり、この法律には
「第１条 　国旗は、日章旗とする。
　第２条 　国歌は、君が代とする。 」
という条文と、別記で日章旗の制式（寸法の割合等）と君が代の歌詞及び楽曲が定められていますが、国旗の揚げ方についての条文はありません。

「法令データ提供システム」（総務省が運営するサイト）（http://law.e-gov.go.jp/cgi-bin/idxsearch.cgi）で検索したところ、法令名に「国旗」を含むものは上記の「国旗国歌法」と、「大喪中ノ国旗掲揚方」（大正元年7月30日閣令第1号）の２件でした。（後者の内容は、“大喪中ノ国旗掲揚”方法のみで、通常時の掲揚方法は明記されていません。）
また、法令中の用語に 「国旗」を含むものは13件ありましたが、国旗の掲揚の仕方を全般的に定めたものは見当たりませんでした。

また、通知を確認しましたが、「基本行政通知処理基準」（ぎょうせい）の五十音索引には「国旗」の項はありませんでした。

（２）国旗の掲揚方法が記載された本について
・『国際儀礼とエチケット』（友田二郎著　学生社　1982）
p138「（４）国旗の揚げ方」の項には「まず、通例国際間に行われている国旗の掲揚方式中、とくに注意すべき点を挙げてみよう。」とあり、法的定めによる記載ではなく「通例」となっています。

・『公用あいさつ事典』（公用あいさつ文例研究会編　新版　ぎょうせい　2008）
p1026～1030「第１　国旗の取扱い」に「１　日本国旗の揚げ方」がありますが、何を典拠にした記述なのかについての記載はありません。

・『国際儀礼に関する１２章　プロトコール早わかり　改訂新版』（世界の動き社　2004）
※「編集協力　外務省儀典官室」と表示されています。
p94-114「第８章　国旗」に、掲揚の仕方が記載され、
「国旗の取り扱い方については、ある程度国際的に承認された一定の基本原則や慣行といったものがあります。本章ではこうした点を中心に話を進めたいと思います。」
とあり（p94）、法的定めによる記載ではなく「慣行」によるものとなっています。

・『プロトコールの基本』（日本ホテル教育センター編　日本ホテル教育センター　2005）
国旗の章あり。「国旗及び国歌に関する法律」が紹介されていますが、その他は国際的な儀礼（プロトコール）によるものというスタンスでの記載になっています。

（インターネットの最終アクセス：2012年5月2日）