レファレンス事例詳細
- 事例作成日
- 登録日時
- 2008/06/27 02:10
- 更新日時
- 2008/06/27 02:10
- 管理番号
- B2007Y0548
- 質問
-
解決
チミジンホスホリラーゼの活性を最大にする反応条件について知りたい。
- 回答
-
チミジンホスホリラーゼの最適な反応条件(温度、pH値、基質濃度など)について当館所蔵資料を中心に調査しました。しかし、酵素の種類や名称だけから、その最適な反応条件を一意的に決めるのは不可能であり、調査した文献に掲載されている数値には幅があります。
反応条件については『分子細胞生物学辞典』(東京化学同人 1997 【RA2-G11】)のp.292によると、「酵素の活性は、反応液の温度、pH、イオン強度や、基質の濃度に依存して変化する」と書かれていますが、この中のイオン強度については調査の限りでは不明でした。
以下に、ご照会の事項に関する情報を掲載している資料をご紹介します(【 】内は当館請求記号)。
・『酵素ハンドブック』(朝倉書店 1982 【RA84-37】)
様々な酵素について、簡単にその精製法や性質が紹介されています。この資料のpp.293-294にThymidine phosphorylaseについて解説があります。そのうち[性質]には「最適ph5.6~6.0」との記述があります。なお、[所在と精製]には「動物組織、E.coliに存在」との記述があります。
・『Springer handbook of enzymes.vol.33』(Springer c2001 【RA2-B29】)
各種酵素について、関連する文献から情報を収集し、その性質や反応条件などをまとめた資料です。pp.52-63にThymidine phosphorylaseについての解説があります。その中からご照会の事項に関連する項目、およびその引用元となっている文献をご紹介します。
なお、引用元によって酵素の抽出元である生体の種類が異なります。生体の種類は次の通りです。
<1> Homo sapiens
<2> Rattus norvegicus
<3> Cavia porcellus
<4> Mesocricetus auratus
<5> Eschericha coli
<6> Giardia lamblia
<7> Salmonella typhimurium
<8> Mus musculus
<9> Lactobacillus casei
以下がご照会の事項に関する項目です。< >内の数字がその数値が得られた酵素が由来する生体の種類、[ ]内の数字が引用元となっている文献番号です。文献の一覧については別途示します。
基質濃度については直接的な記述はありませんでしたが、参考までにミカエリス定数(Km値)をご紹介します。Km値については、[Km-Value(mM)]の項に次のような記載があります。
0.00166 <9> (thymidine) [17]
0.019 <8> (phosphate) [10]
0.1 <9> (phosphate) [16,17]
0.11 <1> (thymidine) [22]
0.141 <8> (thymine) [10]
0.168 <1> (thymidine) [4]
0.38 <5> (thymidine) [6]
0.65 <1> (thymidine, <1> normal tissue [24]) [24]
0.89 <5> (phosphate) [6]
0.945 <8> (thymidine) [10]
1.3 <7> (arsenate) [5,12]
1.72 <1> (5’-deoxy-5-fluorouridine) [4]
2.1 <7> (thymidine) [5,12]
2.3 <7> (phosphate) [5,12]
8 <7> (deoxyuridine) [5,12]
9.3 <1> (thymidine, <1> tumor tissue [24]) [24]
13.3 <1> (5’-depxy-5- fluorouridine and 1-(tetrahydro-2-furanyl)-5-flurouracil) [4]
47.6 <1> (uridine) [4]
Additional information <1,8,9> [16,18]
最適pHについては「pH-Optimum」の項に次のような記載があります。
5.3 <1> [22]
5.7 <1> [11]
6 <1-4,9> (<1-4> around [1]) [1,16,17]
6.3 <5> [6]
7.1 <5> (<5> assay at [6]) [6]
7.4 <1-4,7> (<1-4,7> assay at [1,5]) [1,5]
7.5 <1> [11]
7.5-8 <7> (<7> rapid decrease of activity above and below this range [5,12]) [5,12]
7.8 <1> (<1> assay at [29]) [29]
10 <1> (<1> assay at, pH 10 is used because 2-deoxy-D-ribose 1-phosphate
is heat labile at pH 7.4 [21]) [21]
最適温度については、[Temperature optimum(℃)]の項に次のような記載があります。
37 <1,5,7> (<1,5,7> assay at [5,6,11]) [5,6,11]
引用文献一覧
ご紹介する項目に関連する文献のみご紹介します。また、当館での所蔵を確認できたものについては、【 】内に当館請求記号を付しています。なお、[5],[6]については当館での所蔵は確認できませんでしたが、NACSIS-Webcat(http://webcat.nii.ac.jp/)を検索したところ、所蔵機関があるようです。詳細につきましては各所蔵機関にお問い合わせください。
[1] Zimmerman, M.; Seidenberg, J.: Deoxyribosyl transfer. I. Thymidine phosphorylase and nucleoside deoxyribosyltransferase in normal and malignant tissues. J. Biol. Chem., 239(8), 2618-2621 (1964) 【Z53-D12】
[4] Sugata, S.; Kono, A.; Hara, Y.; Karube, Y.; Matsushima, Y.: Partial purification of a thymidine phosphorylase from human gastric cancer. Chem. Pharm. Bull.,34(3), 1219-1222 (1986) 【Z53-D167】
[5] Hoffee, P.A.; Blank, J.: Thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium. Methods Enzymol., 51, 437-442 (1978)
[6] Schwartz, M.: Thymidine phosphorylase from Escherichia coli. Methods Enzymol., 51, 442-445 (1978)
[10] Iltzsch, M.H.; El Kouni, M.H.; Cha, S.: Kinetic studies of thymidine phosphorylase from mouse liver. Biochemistry, 24(24), 6799-6807 (1985) 【Z53-B464】
[11] Desgranges, C.; Razaka, G.; Rabaud, M.; Bricaud, H.: Catabolism of thymidine in human blood platelets: Purification and properties of thymidine phosphorylase. Biochem. Biophys. Acta, 654(2), 211-218 (1981) 【Z53-B460】
[12] Blank, J.G.; Hoffee, P.A.: Purification and properties of thymidine phosphorylase from Salmonella typhimurium. Arch. Biochem. Biophys., 168(1), 259-265 (1975) 【Z53-B455】
[16] Avraham, Y.; Grossowicz, N.; Yashphe, J.: Purification and characterization of uridine and thymidine phosphorylase from Lactobacillus casei. Biochim. Biophys. Acta, 1040(2), 287-293 (1990) 【Z53-B460】
[17] Avtaha, Y.; Yashphe, J.; Grossowicz, N.: Thymidine phosphorylase and uridine phosphorylase of Lactbacillus casei. FEMS Microbiol. Lett., 56(1), 29-34 (1988) 【Z53-X109】
[18] el Kouni, M.H.; el Kouni, M.M.; Naguib, F.N.: Differences in activities and substrate specificity of human and murine pyrimidine nucleoside phosphorylases: implications for chemotherapy with 5-fluoropyrimidines. Cancer Res., 53(16), 3687-3693 (1993) 【Z53-D384】
[21] de Bruin, M.; Smid, K, ; Laan, A.C. ; Noordhuis, P. ; Fukushima, M. ; Hoekman, K,; Pinedo, H.M. ; Peters, G.J.: Rapid disappearance of deoxyribose-1-phosphate in platelet derived endothelial cell growth factor/thymidine phosphorylase overexpressing cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 301(3), 675-679 (2003) 【Z53-B457】
[22] Finnis, C.; Dodsworth, N.; Pollitt, C.E.; Carr, G.; Sleep, D.: Thymidine phosphorylase activity of platelet-derived endothelial cell growth factor is responsible for endothelial cell mitogenicity. Eur. J. Biochem., 212(1). 201-210 (1993) 【Z53-L238】
[24] Miszczak-Zaborska, E.; Wozniak, K.: The activity of thymidine phosphorylase obtained from human uterine leiomyomas and studied in the presence of pyrimidine derivatives. Z. Naturforsch.c, 52(9/10), 670-675 (1997) 【Z53-S446】
[29] Klein, R.S.; Lenzi, M.; Lim, T.H.; Hotchkiss, K.A.; Wilson, P.; Schwartz, E.L.: Novel 6-substituted uracil analogs as inhibitors of the angiogenic actions of thymidine phosphorylase. Biochem. Pharmacol., 62(9), 1257-1263 (2001) 【Z53-D157】
以上のほか、次のようなウェブ上の無料データベースがありましたのでご紹介します。
・「BRENDA:The Comprehensive Enzyme Information System(ケルン大学サイト内)」
( http://www.brenda.uni-koeln.de/ )
このデータベースを酵素名で検索した結果次のような結果を得られました。
http://www.brenda.uni-koeln.de/php/result_flat.php4?ecno=2.4.2.4
最適な反応条件は次のようになっています。
・pH OPTIMUM 5.3~10 (酵素の由来や実験系によって異なるようです)
・TEMPERATURE OPTIMUMは 37℃。
・Km 0.00166~2.1mMの間(チミジンを基質とする場合。がん細胞由来だとこの数値が大幅に異なるようです)
*インターネットの最終アクセス日は2007年8月7日です。
- 回答プロセス
- 事前調査事項
- NDC
-
- 生化学 (464 9版)
- 参考資料
- キーワード
-
- 酵素
- 照会先
- 寄与者
- 備考
- 調査種別
- 事実調査
- 内容種別
- 質問者区分
- 公共図書館
- 登録番号
- 1000045342